前作から3年後。結婚式を目前に控えたウィルとエリザベスだったが、海賊ジャック・スパロウに加担したことを理由に逮捕されてしまう。しかし東インド貿易会社のベケット卿は、ジャックの持つ「コンパス」を渡せば二人を釈放するという。一方、バルボッサからブラックパール号を取り戻し、再び船長に戻ったジャック。しかし彼は13年前、デイヴィ・ジョーンズと「血の契約」を交わしていた。その内容は、ブラックパール号の船長となる代わりに、13年経ったらデイヴィ・ジョーンズのフライング・ダッチマン号の船員として働き続けなければならないというもの。突然ジャックの前に現れたウィルの父親ビル・ターナーは契約の期限が迫っていることを告げる。ジャックの掌には、契約の終わりを示す黒い烙印が表れていた……。
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